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推荐关注 | 9月27日岳俊阳:猕猴桃T2T参考基因组绘制与quarTeT工具包开发

生信石头  · 公众号  ·  · 2024-09-26 09:49

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主讲文章: Hortic Res | T2T基因组组装和分析工具包 Hortic Res | 猕猴桃T2T参考基因组 一、报告内容 中国是猕猴桃的起源地和分布中心,也是猕猴桃栽培面积和产量第一大国。高质量参考基因组的绘制对猕猴桃重要农艺性状的功能基因组学研究和全基因组分子设计育种具有重要理论意义和应用价值。使用HiFi、ONT和Hi-C测序数据,并结合自主开发的组装脚本,我们对猕猴桃基因组首次测序的材料——中华猕猴桃( Actinidia chinensis )进行了端粒至端粒(telomere-to-telomere,T2T)的从头组装,绘制了完全连续、没有缺口的单倍型高质量参考基因组Hongyang v4.0。T2T是一种最新的基因组绘制标准,要求每条染色体从一端端粒至另一端端粒中的所有复杂结构、高度重复序列等都能被完整组装,内部没有或仅有少数缺口。T2T基因组的组装不仅对端粒、着丝粒等高度重复序 ………………………………

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