Nat Commun | 血浆cfDNA甲基化和半甲基化分析结合机器学习，可提高多癌种检测准确性

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液体活检可通过分析血浆中的循环游离DNA（cfDNA）来实现癌症早期检测，特别是分析cfDNA中与癌症相关的突变、表观遗传特征等；其中，DNA甲基化模式分析在肿瘤检测中表现出色。哺乳动物细胞中，绝大多数DNA甲基化以对称（SM）的方式发生在CpG二核苷酸上，但有约10%以半甲基化（HM）方式发生。通过亚硫酸氢盐测序（BS-Seq）或MeDIP-Seq，人们已在各种细胞系中分析了半甲基化区域（HMR），但很少有研究单独或与对称甲基化CpG联合探索这些HMR用于肿瘤检测和肿瘤发生。 近日，美国哥伦比亚大学张志国教授团队在 Nature Communications 上发表文章，报道了 两种甲基化DNA免疫共沉淀和链特异性（ss）测序方法（MeDIP-Seq），分别用于基因组DNA（ssg-MeDIP-Seq方法）和血浆cfDNA（sscf-MeDIP-Seq方法）的甲基化组分析， 并利用MeDIP-seq技术与机器学习算法，对肝癌患者肝脏肿 ………………………………