《Nature》：空间组解析肠道免疫和微生物状态

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肠道是一个复杂的器官，必须在营养和水分吸收与对外部环境的耐受之间取得平衡。 昨天，麻省总医院和哈佛医学院 Ramnik J. Xavier 通讯在《 Nature 》发表论文“ Spatially restricted immune and microbiota-driven adaptation of the gut ”，为了深入了解肠道在健康和疾病中的功能，绘制了小鼠肠道在稳态和受扰状态下的空间和细胞图谱。 构建空间转录组采用了改良的瑞士卷技术。生成了来自 46 个肠道瑞士卷的数据，涵盖小肠（ SI ）和结肠，每个点的分辨率为 50 微米。通过计算展开和整合，作者实现了数据在统一空间中的可视化和分析，并通过将可变基因表达产生的聚类映射到统一轴上以及细胞类型标记的定位，验证了该方法的有效性。 在稳态肠道转录组分析中，作者确定了 SI 和结肠区域中富集的基因表达。通路富集分析识别出与区域相关的基因程序，基因在肠道 ………………………………