Nat. Microbiol. | 加速版RoseTTAFold来了！RF2-Lite快速识别蛋白质-蛋白质相互作用

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自david baker团队的一篇论文。识别细菌的蛋白质-蛋白质相互作用并预测这些复合物的结构，有助于理解致病机制和开发传染病的治疗方法。在此，作者开发了RoseTTAFold2-Lite，这是一种快速的深度学习模型，利用残基-残基的共进化和蛋白质结构预测，在蛋白质组范围内系统地识别和结构化表征蛋白质-蛋白质相互作用。利用这个流程，作者在19种人类细菌病原体中搜索了7800万对蛋白质，识别出1923个涉及必需基因的高置信度预测复合物，以及256个涉及毒力因子的复合物。这些复合物中有许多之前并不为人所知；作者对其中12个预测进行了实验验证，其中一半得到了确认。这些预测的相互作用涵盖了核心代谢和毒力途径，从转录后修饰到酸中和，再到外膜机制，有助于加深对这些重要病原体生物学的理解，并为设计对抗它们的 ………………………………