诺奖得主 David Baker 新作，设计丝氨酸水解酶

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计算设计丝氨酸水解酶 利用RFdiffusion设计主链结构，用ChemNet评估活性中心的几何结构和每步反应的构象预组织（构象稳定性），设计了结构折叠和天然结构差异很大的丝氨酸水解酶，阐释了丝氨酸水解酶关键催化结构。 设计一个水解酶到底有多难？ 12年前，Baker实验室在JACS上发表了设计具有Cys-His二连体的水解酶，虽然Cys的亲核性提高了，但是Cys-His的二连体并没有按照预计的方式组织。 10年前，Baker Lab又在Nat. Chem. Biol.上发表了设计具有以Ser为亲核试剂的催化三联体的de novo水解酶的工作。结合QM/MM设计优化的理想活性中心的构象（theozymes），利用RosettaMatch匹配合适的骨架+RosettaDesign优化序列稳定必要的催化三联体预组织构象，设计了85个序列。这些设计的序列一半都没有表达，只有两个用有机磷修饰能测到反应活性，但是测不出Kcat。 丝氨酸水解酶 ………………………………