三阴性乳腺癌预后预测：基于TCGA数据库的生存分析

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现在的单细胞数据确实很全面，但是几乎所有的单细胞数据都是不带随访的信息的。这样的话，要在单细胞层面实现基因的预后分析不太现实。因此，我们还是需要“温故”，TCGA是不二选择啦~ 假设现在我已经根据单细胞分析获得了一批基因，这些基因可能是与巨噬细胞或者中性粒细胞有关的特异性基因。接下来我想利用这些基因看看它们在TNBC中的预后意义。 于是： 获取TNBC的临床数据 library (cBioPortalData) library (survival) library (survminer) library (TCGAbiolinks) library (dplyr) library (ggplot2) cbio   hostname =  "www.cbioportal.org" ,   protocol =  "https" ,   api. =  "/api"    # 更新 API 路径 ) clinical "brca_tcga" ) # 筛选 TNBC 样本 tnbc_samples   clinical$ER_STATUS_BY_IHC ==  "Negative"   &     clinical$PR_STATUS_BY_IHC ==  "Negative"   &     clinical$IHC_HER2 ==  "Negative" , ] # 查看 TNBC 样本数量 # 去除 patie ………………………………