JCIM｜南洋理工大学慕宇光课题组：一种基于图神经网络进行蛋白-蛋白亲合性预测的新方法

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蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 是几乎所有生物过程的基石，它决定了信号通路的动态变化以及细胞功能所必需的结构框架。正确理解蛋白-蛋白相互作用对蛋白质工程和药物发现的进步至关重要。其中，亲合性作为描述蛋白-蛋白相互作用强度的关键因素决定了蛋白质复合物的形成和特异性。传统实验和理论方法在高通量测试场景中面临着人力和成本的双重挑战。目前，已有多项基于机器学习方法进行蛋白-蛋白相互作用预测的研究得到报道，但由于缺乏全面的数据，该领域仍未得到全面的探索。 针对这一领域中的问题， 南洋理工大学慕宇光团队通过人工筛选创建了迄今为止最大的基于结构的蛋白质相互作用数据集，并在此训练集上开发了ProAffinity-GNN——一种基于蛋白质语言模型以及图神经网络的深度学习框架，可实现高准确性的蛋白-蛋白亲合性预 ………………………………