清华大学生命学院张强锋课题组开发SPACE用于空间转录组数据分析

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在多细胞生物体中，尽管所有细胞共享相同的基因组，但由于内部基因调控网络的差异以及与周围微环境中相邻细胞的外部信号交流，它们在形态、基因表达和功能上展现出显著的多样性。相邻的不同种类细胞之间再通过复杂的相互作用，形成一定功能的组织模块。 近年来，随着空间转录组技术的不断发展，研究者能够在单细胞分辨率下获得细胞的基因表达谱，同时保留细胞在组织内的空间位置信息。 因此，如何有效地利用这些空间位置信息来揭示复杂组织中细胞的空间排列模式和相关的生物学功能，即识别空间细胞亚型和发现组织模块，是空间转录组数据分析的核心任务。 目前空间转录组数据分析面临以下两方面难题： 1）对于空间细胞类型的识别，许多研究仅使用细胞基因表达谱而忽视细胞的空间位置信息。然而，近年来的研究表明原本被 ………………………………