14年前的大豆群体基因组发了Nature Genetics，我们看看论文里都有啥分析(1)PCA

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论文 Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomes identifies patterns of genetic diversity and selection https://www.nature.com/articles/ng.715 31个大豆重测序数据，14个栽培大豆，21个野生大豆，按照论文中提供的SRA号在NCBI中找到测序数据，这个里面好像是有100多个数据，根据样本名挑选出来这篇文章的数据，有的样本也有很多个数据，我就随机选择了其中的一个，使用kingfisher下载 下载数据代码 python download.py sample.list 参考基因组 Gm82 大豆T2T下载 https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh/Assembly/37536/show 把参考基因组的序列ID改一下 cat GWHCAYC00000000.genome.fasta | awk '{print $1}' | seqkit replace -p "GWHCAYC000000" -r "Gm" -o Gm.fa bwa + samtools + picard + deepVariants流程检测SNP bwa index Gm.fa snakemake -s bwa.smk --cores 128 -p ## bwa这个脚本里包括 bwa比对 samtools sam2bam picard snakmake -s deepVariants.smk --cores 32 -p ## 这里deepVariants ………………………………