Nature | 深度学习驱动的蛋白-配体表面靶向策略

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DRUG AI 蛋白质之间的分子识别事件驱动着生物系统中的生命过程。然而，近年来研究发现，蛋白-蛋白相互作用受小分子调控的机制也在不断被揭示。尽管该领域取得了一定进展，但用于设计新型化学诱导的蛋白相互作用的计算工具仍然面临挑战。本研究中，研究人员提出了一种计算策略，旨在设计可靶向新表面（即由蛋白-配体复合物形成的表面）的蛋白质。该策略采用基于分子表面表示学习的几何深度学习方法，并在实验中验证了三种药物结合的蛋白复合物的结合蛋白。实验结果表明，所有结合蛋白均表现出高亲和力和精准特异性，并通过突变分析和结构表征进行了验证。值得注意的是，最初仅在蛋白质上训练的表面指纹可推广应用于由小分子诱导的新表面，这一发现展示了深度学习方法中罕见的高泛化能力。预计，这类设计的化学诱导蛋白相互 ………………………………