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使用WebLogo绘制序列Logo图展示motif保守性

小白鱼的生统笔记  · 公众号  ·  · 2024-03-06 22:30
    

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使用WebLogo绘制序列Logo图展示motif保守性 序列 Logo 图是一种常用的用于可视化序列保守性和信息含量的图形表示方法,它展示了一系列 DNA 、 RNA 或蛋白质序列的一致性和变异情况。在生物信息学研究中,序列  Logo  图常用于分析蛋白质结合 位点、 miRNA 结合位点 、 转录因子结合位点 等序列的保守性和结构特征。 对于序列 Logo 图的绘制,首先提供一组具有相似功能或结构的 DNA 、 RNA 或蛋白质序列,然后进行多序列比对找到相同或相似的区域来确定保守性位置和变异位置,并在每个位置上计算信息熵,信息熵代表了该位置的变异情况和序列的不确定性程度,最后根据计算得到的信息熵绘制序列 Logo 图。 Logo 图的高度表示该位置的保守性或变异性,信息熵越高,代表该位置的变异程度越大, Logo 图上对应的符号高度越小;信息熵越低,代表该位置的 ………………………………

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