《Nature reviews molecular cell biology》：综述测序RNA修饰时的假阴性和应对

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RNA 修饰在人类健康中起着至关重要的作用，绘制其在转录组中的位置对于理解其功能至关重要。然而，目前用于 RNA 修饰图谱绘制的技术并非没有局限性，可能会出现假阴性，导致图谱不完整。 昨天，耶鲁大学 Wendy V. Gilbert 、美国 NIH 癌症研究中心 Shalini Oberdoeffer 共同通讯在《 Nature reviews molecular cell biology 》发表综述“ All the sites we cannot see: Sources and mitigation of false negatives in RNA modification studies ”，讨论了 RNA 修饰研究中假阴性的来源以及潜在的缓解策略。 测序深度：检测修饰 mRNA 的能力取决于它们在总细胞 mRNA 池中所占的比例。人类 mRNA 表达水平的巨大差异使得确保稀有 mRNA 的充分代表性具有挑战性。测序深度的决策必须在检测稀有 mRNA 的需求与饱和风险以及对丰富转录本过度测序的高成本之间进行权衡。对于合适的测序深度并没有明确的答案 ………………………………