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我们在《单细胞天地》公众号给初学者整理了一个基于r编程语言的Seurat体系的单细胞转录组数据分析可视化专辑,是时候推荐给大家了: 基于VlnPlot参数及ggplot2美化小提琴图 VlnPlot结果及常用参数浅析 热图联动点图展示Marker基因 使用ggplot2美化Dotplot结果 Dotplot可视化细节之如何计算百分比和表达量平均值 使用Complexheatmap美化热图 Doheatmap常用参数及美化 细胞类群marker基因识别及可视化 不同方式计算并获取Top基因 通过t-SNE和UMAP看数据 plot1cell美化UMAP/TSNE结果 RunUMAP常用参数及三维可视化 RunTSNE二维及三维结果可视化 细胞聚类分群及其可视化 单细胞PCA降维结果理解 单细胞数据标准化及高变基因鉴定 FeatureScatter散点图 根据线粒体基因进行过滤 ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤 细胞鉴定曲线图理解 前情提要 上期的推文 VlnPlot结果及常用参数浅析 整理介绍了一
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