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碱基编辑系统在不引起DNA双链断裂的情况下能够对特定基因位点进行精确修饰，目前最主要的碱基编辑系统有两类：基于胞苷脱氨酶的胞嘧啶碱基编辑系统（CBE），实现C-to-T的转换；和基于腺苷脱氨酶的腺嘌呤碱基编辑系统（ABE），实现A-to-G的转换。已经报道的CBE系统包括：rAPOBEC1 1, 2, 3, 4 、hAID 5 、PmCDA1 4, 6, 7 、hAPOBEC3A 8, 9 和hAPOBEC3B 10 等，在此基础上加入一个或多个尿嘧啶DNA糖基化酶抑制物（UGI）可以进一步提高C-to-T的编辑效率和产物纯度。目前的CBE已经可以在特定位点进行有效的精准编辑，但有研究表明，rAPOBEC1-CBE在小鼠胚胎 11 和水稻植株 12 中会造成基因组水平上的脱靶编辑。研究者们致力于寻找编辑效率更高、编辑特异性更优、普适性更好的CBE。目前，在植物中对双碱基编辑系统的探索有限，其中主要的系统包括STEME 13 、SIWSS 14 和MoBE 15 。
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