今天看啥  ›  专栏  ›  劝人学医TDLP

GSEA 还可以环形可视化?

劝人学医TDLP  · 公众号  ·  · 2024-08-06 08:00

文章预览

引言 ❝ 借助 circlize 把多个 GSEA 富集通路使用环形图进行展示, ci rcGs ea  函数封装在 GseaVis 中。 安装 # install.packages("devtools") devtools::install_github( "junjunlab/GseaVis" ) 使用示例 先富集分析: library (ggplot2) library (org.Hs.eg.db) library (clusterProfiler) library (dplyr) library (GseaVis) # load test data data(geneList, package= "DOSE" ) gse              ont =  "BP" ,              keyType =  "ENTREZID" ,              OrgDb = org.Hs.eg.db) gse "ENTREZID") df_gse geneSetID 5) 然后拿这个对象来绘图: circGsea(object = gse,          geneSetID = geneSetID) 修改通路形式: circGsea(object = gse,          geneSetID = geneSetID,          GoIDfacing =  "bending.inside" ) 添加通路名称: circGsea(object = gse,          geneSetID = geneSetID,          addDescription =  T ) 调整一下距离: circG ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览