【NAR】复旦大学任国栋：利用PBOX-sRNA-seq揭示小RNA末端修饰新特征

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来源：复旦大学 小RNA介导的基因沉默是真核生物调控基因表达 ， 维持基因组稳定以及抵抗外源遗传物质入侵的关键机制 。小RNA测序 ( sRNA-seq ) 是高通量表征和分析各类小RNA的重要手段。但常规sRNA-seq中大量的测序数据 (很多时候超过40%) 来自结构型RNA (包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA) 以及其它RNA的降解片段，不仅降低了目标sRNA的比例，还影响了实验的批次间可重复性，低质量的样本甚至导致文库构建失败。因此，常规sRNA-seq对于样品和建库技术的要求通常较高。此外，非sRNA位点测序片段的干扰加大了数据分析的复杂性，尤其是对具有复杂基因组/非模式生物中的sRNA鉴定与注释。 和动物不同， 植物中各种类型小RNA (包括miRNA及各种siRNA) 中的3’末端均携带高程度的2’核糖位甲基化修饰 (2’-O-Me) 。该修饰由小RNA甲基转移酶HEN1催化。HEN1缺失会引起小RNA 3’端 ………………………………