10x Genomics VisiumHD全球首篇文献发布

主要观点总结

本文介绍了使用Visium HD技术对结直肠癌患者的FFPE组织进行空间转录组学研究的过程和结果。包括Visium HD技术的高分辨率和空间准确性，巨噬细胞在肿瘤边界的富集，以及T细胞在肿瘤微环境中的定位和克隆扩增等关键发现。

关键观点总结

关键观点1: Visium HD技术介绍及优势

Visium HD技术通过在2x2µm的带条形码标签的方格中提供转录本数据，实现了对组织进行生物学分析的单细胞分辨率。该技术现在不仅适用于新鲜冷冻样品，还能接受大范围的人和小鼠FFPE样本，提供高灵敏度、高特异性的相关基因表达信息。

关键观点2: 研究概况

研究人员对5例结直肠癌患者的FFPE组织进行了分析，利用Visium HD技术深入探索肿瘤微环境（TME），并结合单细胞RNA-seq和Xenium原位基因表达技术，全面描绘了TME中的免疫细胞类型。研究发现肿瘤周围存在具有不同基因表达特征的巨噬细胞亚群，以及显示出克隆扩增的T细胞。

关键观点3: Visium HD在单细胞尺度上的表现

Visium HD技术在单细胞尺度上表现出强大的细胞类型注释能力，通过无监督聚类和基于单细胞数据的反卷积，能够在不同样本中识别出一致的细胞类型标签。

关键观点4: 巨噬细胞在肿瘤边界的富集

作者发现巨噬细胞在肿瘤边界区域富集，这一发现对于理解肿瘤与免疫系统的交互作用具有重要意义。

关键观点5: T细胞在肿瘤微环境中的定位和克隆扩增

通过Visium HD数据和Xenium原位验证，研究者还探索了T细胞在肿瘤微环境中的定位和克隆扩增情况，揭示了克隆扩增的T细胞的空间分布。

关键观点6: Xenium原位验证和协同增效

Xenium原位空间分析平台被用来验证Visium HD的结果，揭示了巨噬细胞和T细胞在肿瘤微环境中的异质性，以及克隆扩增的T细胞在肿瘤细胞附近聚集的现象。

文章预览

点击 蓝字 关注我们 10x Genomics新发布的VisiumHD技术，通过在2x2µm的带条形码标签的方格中提供转录本数据，实现了对组织进行生物学分析的单细胞分辨率。这种技术通过连续排列有寡核苷酸的捕获区域，确保条形码方阵之间无间隙，从而实现了对整张组织切片的连续覆盖，揭示了以往被隐藏的生物学信息。CytAssist平台的高质量空间数据功能，能够精准定位转录本，绘制微小生物结构和复杂细胞微环境的空间结构图谱。此外，这项技术现在不仅适用于新鲜冷冻样品，还能接受大范围的人和小鼠FFPE样本，提供高灵敏度、高特异性的相关基因表达信息，在形态学背景下实现真正的探索发现，进一步扩展了空间生物学的可能性。 目前全球第一篇使用VisiumHD技术的文献 ——《Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high defi ………………………………