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你还在用 FFPE 样本测序吗

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-10-18 21:00

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Title Large-scale analysis of whole genome sequencing data from formalin-fixed paraffin-embedded cancer specimens demonstrates preservation of clinical utility Online https://www.nature.com/articles/s41467-024-51577-2 研究背景 全基因组测序 (WGS) 为每位患者携带的数据增加了数千倍,提供了癌症基因组状态的整体图景,揭示了靶向方法遗漏的大量高度个体化、具有临床价值的基因组特征。常规肿瘤活检是福尔马林固定和石蜡包埋 (FFPE) 的,会破坏 DNA,历来限制它们在 WGS 中的使用。为此,研究团队探索是否有可能通过分析大量 FFPE 衍生标本来挽救 WGS 数据 研究方法 患者和样本:共涉及3个队列的样本:Genomics England 队列、Oxford 队列、PARTNER/PBCP 队列 测序策略:使用 Illumina HiSeq X (Genomics England 队列)、HiSeq2500 (Oxford 队列) 和 Novaseq 600 (PARTNER/PBCP 队列) 进行测序,双端测序,读长150 bp 。对 ………………………………

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