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最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 1000 个植物)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2024-08-31 21:00

主要观点总结

本文介绍了药用植物组学平台IMP,该平台整合了基因组、转录组和其他相关数据,提供了多种功能分析模块,如基因表达图谱、共表达基因搜索、基因簇展示等。IMP旨在解决药用植物数据利用方面的紧迫问题,促进药物发现和药物生产的天然来源的探索。文章还介绍了IMP的使用方法和主要特点。

关键观点总结

关键观点1: 药用植物组学平台IMP的介绍

IMP是一个整合药用植物基因组、转录组等数据的平台,旨在解决数据利用方面的紧迫问题,促进药物发现和药物生产的天然来源的探索。

关键观点2: IMP提供的功能分析模块

IMP提供了多种功能分析模块,包括基因表达图谱、共表达基因搜索、基因簇展示、BLAST序列比对、多序列比对、在线差异基因分析、GO/KEGG富集分析、GSEA富集分析、IGV基因组浏览器等。

关键观点3: IMP的使用方法和特点

IMP使用简单,用户可以通过网站进行在线操作,也可以通过API进行二次开发。IMP的特点包括数据整合、多功能、可视化、易于使用等。


文章预览

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击 阅读原文 直接跳转)。 IMP收录了 1007 个高质量的基因组(预期收录所有植物的基因组,目前已收录1007 个),整理了 848,565,672 个基因,以及 2,158 个转录组测序样本,涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的 10 个分析模块,用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从 ………………………………

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