主要观点总结
这篇文章介绍了使用GEO2RNAseq工具进行RNA-seq数据预处理的流程,包括质量控制、比对、计数、质量控制汇总和映射统计信息等步骤。文中还提到了关于rRNA污染的检测和标准化计数值的计算。
关键观点总结
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文章预览
有很多小伙伴苦恼于不会命令行操作, 没有时间学习 li nux 。 但是有时候咱们咋觉公共数据, 作者只上传了原始数据, 咱们又不得不跑上游分析。 以 b ulk R NA -seq为例, 这是咱们经常会用到的公共数据。 这次介绍一个R语言工具 GEO2RNAseq : An easy-to-use R pipeline for complete pre-processing of RNA-seq data。仅R语言就拿到各种表达矩阵,省去了很多学习成本。 # 加载所需的库 ------------------------------------------------------------------------------ library( "Geo2RNAseq" ) # 加载Geo2RNAseq库,用于RNA-seq数据处理 library( "R.utils" ) # 加载R.utils库,提供额外的实用函数 library( "tidyverse" ) # 加载tidyverse库,用于数据处理和可视化 library( "data.table" ) # 加载data.table库,高效的数据处理 library( "gtools" ) # 加载gtools库,提供额外的实用函数 library( "stringi" ) # 加载stringi库,用于字符串
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