上游分析必须要会linux吗，R语言从fastq到TPM,rpkm,count表达矩阵，一口气直接跑完

主要观点总结

这篇文章介绍了使用GEO2RNAseq工具进行RNA-seq数据预处理的流程，包括质量控制、比对、计数、质量控制汇总和映射统计信息等步骤。文中还提到了关于rRNA污染的检测和标准化计数值的计算。

关键观点总结

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有很多小伙伴苦恼于不会命令行操作， 没有时间学习 li nux 。 但是有时候咱们咋觉公共数据， 作者只上传了原始数据， 咱们又不得不跑上游分析。 以 b ulk  R NA -seq为例， 这是咱们经常会用到的公共数据。 这次介绍一个R语言工具 GEO2RNAseq : An easy-to-use R pipeline for complete pre-processing of RNA-seq data。仅R语言就拿到各种表达矩阵，省去了很多学习成本。 # 加载所需的库 ------------------------------------------------------------------------------ library( "Geo2RNAseq" ) # 加载Geo2RNAseq库，用于RNA-seq数据处理 library( "R.utils" ) # 加载R.utils库，提供额外的实用函数 library( "tidyverse" ) # 加载tidyverse库，用于数据处理和可视化 library( "data.table" ) # 加载data.table库，高效的数据处理 library( "gtools" ) # 加载gtools库，提供额外的实用函数 library( "stringi" ) # 加载stringi库，用于字符串 ………………………………