Xenium—真正的细胞级别空间转录组

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在上一篇文章里，我们对空间转录组技术进行综述性的梳理（ 点击查看 ）。目前大家比较熟悉的是基于NGS的空间转录组测序。 其中Stereo-seq和Visium HD是这个技术流派的佼佼者。 目前在两种技术的检测分辨力都可以达到细胞级别（微米级）。但实际应用过程中，我们发现基于NGS的空间转录组测序技术，在细胞级别分辨率上往往表现不佳，主要原因是两点： 1） 此类技术需要RNA（或者探针）与芯片上引物探针结合，降低了基因检测的敏感度。 因此，在单个细胞级别（10um）的尺度上，基因检出率往往很低。这将对后续的细胞分群聚类（尤其稀有细胞、细胞子亚类识别）等分析有不良影响。 2） 此类技术在实验处理过程中，一般需要经历透化、转片等操作。 这些操作往往会导致明显的RNA扩散。假设芯片的分析分辨率为5 um级别，但RNA扩散达到10 um级别， ………………………………