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来抄作业——单细胞DotPlot,就这样画 ~

生信益站  · 公众号  ·  · 2024-11-18 11:00
    

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生信益站,一点就有益 ! 祝友友们天天开心,月月发 CNS~ 设我为🌟星标,每天就能第一时间看到推送啦~ 单细胞 RNA 测序数据的点图 可用于检查细胞分组(例如簇)与标记基因表达之间的关系。 scDotPlot 包提供了一种统一的方法 来执行分层聚类分析并向 scRNA-seq 点图的列和/或行添加注释 。 它适用于 SingleCellExperiment 和 Seurat 对象以及数据框。 scDotPlot() 函数使用来自 scater::plotDots() 或 Seurat::DotPlot() 的数据以及 aplot 包来添加来自 ggtree 的树状图和可选注释。 安装 scDotPlot if  (!requireNamespace( "BiocManager" , quietly =  TRUE )) {     install.packages( "BiocManager" ) } BiocManager::install( "scDotPlot" ) # To install the development version directly from GitHub: if  (!requireNamespace( "remotes" , quietly =  TRUE )) {     install.packages( "remotes" ) } remotes::install_github( "ben-laufer/scDotPlot" ) 基 ………………………………

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