全代码干货奉上——多样本多方案去除单细胞环境RNA污染——这次把这个聊清楚

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真是学习好的方法，还是老实老实看官网教程。比如decontx去除单细胞环境RNA污染分析，在网上能找到一堆教程，但愣是没有多少人提及 batch（根据样本分批处理）这个参数 ， 有很多教程都是基于混合样本的矩阵去做，一行代码搞定 ，容易给大家造成误解。别的样本的RNA污染，对另一个样本咋可能有影响，就跟去除双细胞一样，所以说还是要加上这个参数，或者单样本分析。 另外输入含有空液滴的数据（也就是cellranger输出中的raw_feature_bc_matrix文件夹），也非常重要，从我自己的数据上看，加上与不加上差别还是挺大的。其他 方法比较多，也都试了下，我最后用了 decontx。 下面是此次内容介绍 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）是研究细胞异质性的重要技术，但都面临环境RNA污染的问题。污染会导致测量的基因表达水平虚高，影响 ………………………………