专栏名称: 生信技能树
生物信息学学习资料分析,常见数据格式及公共数据库资料分享。常见分析软件及流程,基因检测及癌症相关动态。
目录
今天看啥  ›  专栏  ›  生信技能树

一个引号引发的血案(文本文件读取的小事故)

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-08-01 21:12
    

主要观点总结

文章主要描述了对表达量芯片不同探针平台信息的探索过程中,遇到的读取txt文件出现问题及解决方案,并介绍了在Linux的shell中如何输出文本文件的指定行的方法。

关键观点总结

关键观点1: 学徒在读取txt文件时遇到的bug:在读取一个txt文件时会出现读不完整的情况,问题的原因是文件中存在单引号,导致read.table函数读取时出错。

描述了问题的具体情况,包括出现的警告信息以及尝试的解决方法,如添加quote = ''的参数,或使用高级的R包如rio::import和data.table::fread。

关键观点2: Linux的shell中输出文本文件指定行的方法:介绍了在Linux的shell中如何使用不同的命令来输出文本文件的指定行,包括sed、awk、head、tail、grep等命令的使用方法。

详细解释了每个命令的使用方法,并指出如何选择合适的方法取决于具体需求和文件大小。同时提到了使用人工智能大模型搜索方法时的误区,以及对于大文件处理时的方法选择。

关键观点3: 高级函数也会报错:即使使用高级的R包如rio::import和data.table::fread,也不是万能的,有时会遇到读取文件出错的情况,如遇到单细胞转录组表达量矩阵文件只能读取一半的问题。

说明了在使用高级函数时也可能遇到错误,并提醒读者在做单细胞转录组数据分析时需要有自己的计算机资源,并具备基本的生物信息学基础。


免责声明

免责声明:本文内容摘要由平台算法生成,仅为信息导航参考,不代表原文立场或观点。 原文内容版权归原作者所有,如您为原作者并希望删除该摘要或链接,请通过 【版权申诉通道】联系我们处理。

原文地址:访问原文地址
总结与预览地址:访问总结与预览
推荐产品:   推荐产品
文章地址: 访问文章快照