Cell丨一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法—Perturb-FISH

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撰文 | 亦 传统的CRISPR筛选技术 （如Perturb-seq） 结合单细胞RNA测序 （scRNA-seq） 能够分析基因扰动后的转录组变化，但缺乏空间信息，无法解析细胞微环境对基因表达的影响。而光学池筛选 （如MERFISH，多重荧光原位杂交技术） 虽能提供高分辨率空间转录组数据，但未与CRISPR扰动结合。因此亟需开发一种新方法以填补传统CRISPR筛选在空间和功能解析上的空白。 近日，来自美国博德研究所的 Samouil L. Farhi 团队在 Cell 上发表了题为 Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 的文章。介绍了一种新方法 （ Perturb-FISH ） ，通过 整合CRISPR筛选和成像空间转录组学，实现在单细胞水平同时检测基因扰动、转录组和空间信息，并探索细胞内、细胞间及功能表型的遗传调控网络 。 原理上，Perturb-FISH在CRISPR ………………………………