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玩转服务器—pySCENIC环境难题,共享服务器一键化解

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2025-03-25 22:08
    

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滴水穿石 非一日之功 SCENIC SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是一种基于单细胞 RNA 测序数据的调控网络分析方法,旨在从单细胞水平推断  转录调控网络 。其核心思想是通过 聚类分析(Clustering)和 保守性分析(Conservation)识别活跃的转录因子(TF)、预测它们的靶基因,并解析细胞类型或状态特异性的调控机制。SCENIC 最早由 Aertslab 团队提出(SCENIC: Single-Cell Regulatory Network Inference via Clustering and Conservation【 https://doi.org/10.1038/nmeth.4463 】),而  pySCENIC  是SCENIC分析的python实现,其具有更快的速度。 SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析: 基因共表达网络构建,利用GENIE3 或 GRNBoost2算法,从scRNA-seq 数据中推断基因之间的相互作用,并识别潜在转录因子和其靶基因间的关系。 调控模块生成,将转录因子及其推断的靶基因集合定义为 ………………………………

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