ATAC-seq 分析基本流程（Genrich)

文章预览

ATAC-seq 概述 ATAC-seq（具有高通量测序的转座酶可及染色质测定）是一种确定整个基因组染色质可及性的方法。它利用过度活跃的Tn5转座酶将测序接头插入开放的染色质区域。然后，高通量测序产生指示这些区域可访问性增加的读取。 试验设计 ATAC-seq方法的开发人员已经发布了实验室程序的详细协议（Buenrostro 等人 ，2015）。 以下是规划 ATAC-seq 实验时需要考虑的其他一些事项： 1. 生物学重复 与大多数高通量测序应用一样，ATAC-seq要求运行生物重复。这确保了观察到的任何信号都是由于生物效应，而不是一个特定样品或其处理的特殊性。首先，每个实验组重复两个就足够了。 2. 对照 使用 ATAC-seq，通常不会运行对照组，这可能是由于费用和获得的有限值。给定样品的对照将是来自样品的基因组DNA，而不是转座酶处理，而是片段化（例如通过超声处理） ………………………………