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使用aspera加速从中国的GSA数据库下载测序文件

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-11-24 09:33
    

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中国的GSA(国家基因组科学数据中心)数据库,即国家基因组科学数据中心(China National GeneBank Database),是一个存储和共享基因组数据的国家级平台。该数据库收录了大量的基因组序列数据,包括但不限于基因组组装、转录组数据、表观遗传学数据等。 值得注意的是人类的数据跟其它物种在的GSA(国家基因组科学数据中心)数据库的存储有不一样的规则: 首先如果是小鼠测序数据 比如《食管癌病人的PDX小鼠模型6个样品之CRA010501》: https://ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA016013 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA010501 再比如《小鼠耳蜗单细胞转录组数据》: https://ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA006213 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA004814 可以直接安装和使用这个edgeturbo软件即可: mkdir -p ~/biosoft/ cd  ~/biosoft/ wget https://ngdc.cncb.ac.cn/ettrans/download/edgeturbo-client.linux.l ………………………………

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