跟着Nat Genet学作图--hotspots探索空间组织微环境

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2024年4月16日， 在 Nature Genetics  杂志背靠背发表了两篇研究论文，文章标题如下 两篇文章利用单细胞转录组测序技术和空间转录组测序技术，通过单细胞多组学数据分析分别揭示了小鼠肝脏在胆汁淤积损伤与修复过程，以及在肝脏稳态、切除再生中的复杂分子机制。文章通过空间基因调控网络分析，研究鉴别了一系列参与肝脏分区维持的重要转录因子，并阐明了基因调控网络在时空上协调肝脏再生的机制。研究者以前所未有的空间分辨率揭示了小鼠肝脏在稳态和再生过程中的细胞类型、基因表达和微环境信号的时空动态变化特征。 两篇文章的源代码也是全部公开 文章中使用 The top 5,000 variable genes expression matrix and coordinates of each Stereo-seq bin were imported to Hotspot (v.0.9.1) 0 1  空间转录组课程内容（ python为主讲解 ） 第一节： Python入门（安装、环境配置 ………………………………