简单三步，定量Dropseq数据——代码分享

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Dropseq 是由哈佛大学 McCarroll Lab 开发设计的单细胞测序技术，相关文章于 2015 年发表于 cell （ http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 ）。Dropseq相关技术已经开源，并且在实验室官网上已公开，任何实验室都可以通过他们提供的method，在自己实验室搭建一套单细胞分析流程。Dropseq也有自己的技术论坛，可通过发送电子邮件到 dropseq@gmail.com申请加入。 和10x公司一样，dropseq技术有一套自己的定量piepline，本期推送主要和大家分享下dropseq的转录本定量流程。 D ropseq分析依赖于java，底层比对和10x的cellrange一样也是调用的STAR进行分析。 当然也需要其他一些包，用于支持中间数据的压缩提取。 使用conda可以快速完成环境的搭建，conda的安装部署请参考 系统性教程01-Windows安装Anaconda 和 系统性教程02-Linux 安装Anaconda 。 #安装samtools，STAR，bgzip mamba  cr ………………………………