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嘿嘿,又是阳光明媚的一天,上班上班!馆长又带着今日份生信 宝藏思路 来和大伙们见面啦!馆长推荐的思路是: 增殖必需基因+预后模型+耐药性分析! 增殖必需基因是文中团队新定义的一类基因类型,来自于DepMap 网站,主要和肿瘤存活相关! 那么我们废话不多说,跟紧馆长的步伐,上文章! 今日的文章来自于福建医科大学附属协和医院的张杰教授团队 ,文章的亮点很多,主要有以下几点: 1、DepMap+GEO/TCGA双数据库数据思路! 作者团队利用DepMap 网站中的CERES 算法获取了517 个细胞中的近 18,000 个基因生成依赖性评分。 依赖关系图谱(DepMap)数据库通过全基因组 RNA 干扰和 CRISPR 功能丧失筛选系统地识别了数百种细胞系中的癌症依赖性,并预测了肿瘤存活所需的基因(也就是文章数据集来源) ,对预后生信感兴趣的朋友可以留意该方法! 2、经典
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