Nat Cancer | MD安德森癌症中心粱晗团队绘制蛋白质表达图谱，涵盖447种临床相关蛋白质

主要观点总结

该研究利用反相蛋白微阵列（RPPAs）技术对来自癌症基因组图谱（TCGA）和癌症细胞系百科全书（CCLE）的样本进行蛋白质表达谱分析，生成了覆盖447种临床相关蛋白质的高质量数据。这些蛋白质表达谱有助于深入了解肿瘤间异质性和癌症依赖性，为阐明体细胞突变的功能效应、识别癌症相关蛋白质相互作用对、识别合成致死性对、确定与肿瘤转移潜力相关的关键蛋白质和途径等提供了重要信息。该数据集对于理解癌症的生物学机制、发现潜在的蛋白质生物标记物以及开发新的治疗方法具有重要价值。

关键观点总结

关键观点1: 研究背景及目的

文章介绍了癌症蛋白质表达研究的重要性，特别是在全面理解人类癌症分子基础和开发精准医学策略方面的需求，以提高TCGA和CCLE队列的实用性。

关键观点2: 研究技术方法

研究使用了更新的RPPA平台对TCGA和CCLE的样本进行了第二阶段表征，大幅增加了分析的蛋白质数量，达到了约500种。

关键观点3: 研究结果与发现

研究发现了RPPA数据的高质量及其在不同平台和阶段的一致性。基于TCGA样本的RPPA500数据，研究者进行了无监督聚类分析，并在32种癌症类型中鉴定出十个聚类。此外，研究还确定了几个与RPPA聚类相关的分子驱动因素，并在揭示肿瘤间异质性、识别相关临床模式和癌症驱动因素方面提供了独特的视角。

关键观点4: 研究的临床意义

该研究为理解PKAA在EGFR耐药性中的作用提供了新见解，并有助于开发新的治疗策略。此外，研究还为人类癌症转移的关键蛋白质和途径提供了全面视图，为预测患者转移和开发抗转移疗法奠定基础。

文章预览

癌症基因组图谱（TCGA）和癌症细胞系百科全书（CCLE）是癌症研究的基础资源，为来自33种癌症类型的约11,000个患者样本和来自不同谱系的约1,000个癌细胞系提供了广泛的分子和表型数据。虽然来自这些队列的DNA和RNA数据已被广泛表征，但与之平行的大规模蛋白质表达数据仍然有限，这在全面理解人类癌症分子基础和开发精准医学策略方面存在明显不足，因为蛋白质是各种生物过程中的基本功能单位，并且是直接的药物靶点。 反相蛋白微阵列（RPPAs）是一种基于抗体的高通量功能性蛋白质组学方法，初期研究者利用RPPAs平台，为TCGA患者肿瘤和CCLE细胞系生成了高质量的蛋白质表达数据，这些数据集为肿瘤亚型分类、不同肿瘤背景下的癌症信号传导、耐药机制、新生物标志物和治疗策略提供了深刻见解。然而，早期研究工作评估的蛋白质标记物数量相对 ………………………………