文章预览
导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Comprehensive integration of single-cell RNA and transcriptome RNA sequencing to establish a pyroptosis-related signature for improving prognostic prediction of gastric cancer”，这篇文章发表在 Comput Struct Biotechnol J 期刊上，影响因子为6。 结果： 通过scRNA-seq分析鉴定细胞类型 如图1所示，流程图展示了本研究的详细步骤。首先，在严格筛选和质量控制后，从GSE183904数据集中获取了来自24名GC患者的118887个细胞的scRNA-seq数据。图S1A展示了每个样本中检测到的基因数、测序深度以及线粒体和血红蛋白基因比例。在数据归一化后，选择了3000个可变基因进行进一步分析（图S1B）。使用PCA分析来降低维度和可视化数据，并选择前30个主成分作为t-SNE的输入（图S1C）。t-SNE的结果显示，所有细胞被分为33个聚类（图S1D和图2A）。通过使用ScType，将这33个聚类分类
………………………………
