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R包SpaCET（Spatial Cellular Estimator for Tumors）发表于2023年的Nature communications，题为”Estimation of cell lineages in tumors from spatial transcriptomics data“（https://doi.org/10.1038/s41467-023-36062-6）。SpaCET可以估算 细胞谱系组成 并解析 肿瘤微环境（TME）中的细胞间相互作用 。简而言之，SpaCET 通过整合 常见恶性肿瘤的基因模式字典 ，首先推测 肿瘤细胞的丰度 。随后，SpaCET 采用 受约束的线性回归模型 ，校准局部组织密度，并基于 全面的非恶性细胞图谱 来确定 基质和免疫细胞谱系比例 。此外，SpaCET 还能揭示 肿瘤微环境中的潜在细胞-细胞互作 ，尤其是在 肿瘤-免疫界面 的细胞通讯。值得注意的是，虽然 SpaCET 无需任何输入细胞参考 即可分析肿瘤 ST 数据，但它也可以 结合匹配的 scRNA-seq 数据 作为自定义参考，进行更精确的细胞类型去卷积分析。 image-20250221113821170 R包
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