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tidyomics体系介绍及用法详解-6-tidyseurat详解

灵活胖子的科研进步之路  · 公众号  ·  · 2024-07-07 00:08

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教程网址:https://stemangiola.github.io/tidyseurat/ 导言 tidyseurat 提供了 Seurat 包和 tidyverse 之间的桥梁。它创建了一个不可见层,可以将 Seurat 对象视为 tidyverse tibble,并提供与 Seurat 兼容的 dplyr、tidyr、ggplo 和 plotlyfunction。 常用功能 安装 自 CRAN 安装 install.packages( "tidyseurat" ) 自 Github 安装(开发版本) devtools::install_github( "stemangiola/tidyseurat" ) 创建 tidyseurat,the best of both worlds! 这是一个 seurat 对象,但它被评估为 tibble。因此,它与 Seurat 和 tidyverse API 完全兼容 pbmc_small = SeuratObject::pbmc_small 它看起来像一个 tibble pbmc_small 但它毕竟是 Seurat 对象 pbmc_small@assays 绘图功能 为图片设置颜色和主题。 # Use colourblind-friendly colours friendly_cols "#88CCEE",  "#CC6677" ,  "#DDCC77" ,  "#117733" ,  "#332288" ,  "#AA4499" ,  "#44AA99" ,  "#999933" ,  "#882255" ,  "#661100" ,  "#6699CC" ) # Set theme my_theme ………………………………

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