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使用ggplot2美化Dotplot结果

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-09-18 10:10
    

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前情提要 上期推文给大家分享了 Dotplot可视化细节之如何计算百分比和表达量平均值 ,里面整理了 关于Dotplot结果图上 Average Expressed以及Percent Expressed 的计算方式,以及Dotplot的常用参数 并且基于pbmc3k的数据,使用Dotplot进行可视化和简单调整。这期一起来了解一下, 使用Dotplot参数调整美化结果,以及基于ggplot2进行可视化 Dotplot可视化及美化 示例数据为pbmc-3k的注释分群后的数据,使用 FindAllMarkers 查找并获取 top5的Marker基因 进行可视化 #top5 marker基因获取 pbmc.markers  top5 = pbmc.markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(n = 5, wt = avg_log2FC) g = unique(top5 $gene ) 默认参数绘图及调整美化 如果 直接使用默认参数,不调节参数展示的情况 DotPlot(pbmc, features = g) 可以看到 横坐标中features展示列全部挤在了一起,不便于阅读 。因为Dotplot绘图是基于ggplot2的语法结构 ………………………………

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