应审稿人要求| pseudo bulk差异分析

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一、写在前面 最近有粉丝提问，收到了如下的审稿人意见： 审稿人认为在单细胞测序过程中，利用 findMarker 通过 Wilcox 获得的差异基因虽然考虑到了不同组别细胞数量的不同，但是未能考虑到每组样本数量的不同。因此作者希望纳入样本水平的 pseudo-bulk 分析能够有助于确认两种条件下的差异基因。 首先我个人觉得审稿人自己的话有些矛盾，使用 pseudo-bulk 计算差异基因，岂不是无法考虑到不同组别中样本数量的差异？另外这有些吹毛求疵，在 Seurat V5 之前，作者甚至没有在包里集成 pseudo-bulk 的函数与算法(当然也可以自己提取矩阵计算)。难道能说作者发表的这几篇Cell和Nature给大家推荐的流程不好吗： Hao , Hao , et al., Cell 2021 [Seurat v4] Stuart , Butler , et al., Cell 2019 [Seurat v3] Butler, et al., Nat Biotechnol 2018 [Seurat v2] Satija , Farrell , et al., Nat Biotechnol 2015 [Seurat v1] ………………………………