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芯片代码实操(2)下载芯片表达数据

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-09-12 18:10
    

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 GEO数据挖掘系列,第9篇学习笔记:下载数据 为了无缝衔接第8篇学习笔记,该文中的序号将接着上一篇来标注 首先感谢曾老师对小宇学习生信的支持与鼓励!昨天我的学习笔记刚发布,曾老师就根据这篇笔记告诉了我额外的代码方法,于是在开启本篇之前,在此进行补充 0.5 补充 以下代码同样是R包的批量安装和加载,整体思路不变,有两处需要注意 #打包CRAN的R包并下载 cran.packages 'knitr',  'mixOmics' ,  'xtable' ,  'ggplot2' ,  'vegan' ,  'cluster' ,                     'gridExtra' ,  'pheatmap' ,  'ruv' ,  'lmerTest' ,  'bapred' ) install.packages(cran.packages) #打包bioconductor的R包并下载 bioconductor.packages 'sva',  'limma' ,  'AgiMicroRna' ,                             'variancePartition' ,  'pvca' ) if  (!requireNamespace( 'BiocManag ………………………………

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