大豆Cell论文中泛基因家族分析复现一：下载示例数据

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泛基因组相关的论文中通常都会有这个分析，这个是一个标准化的分析，通常也不会有新的发现。 在最开始的泛基因组论文里这个分析可能会放一个主图，最近的论文里基本上都是把这个分析放到附图里了，论文里会提几句话介绍这个结果。 这个分析就是组装了很多个基因组，然后每个基因组有对应的蛋白编码基因注释。用orthofinder这个软件对所有的蛋白编码基因进行聚类，获得基因家族。根据基因家族的有无划分为不同的类，比如核心，可变，私有等。然后再对不同类别的基因家族的性质进行分析，比如基因长度，外显子数量这些 如果要做这个分析需要准备的数据有 基因组 fasta 文件 蛋白编码基因的注释文件 gff格式 可以利用以上两个文件获得 蛋白编码基因的cds序列 可以利用以上两个文件获取 蛋白编码基因的蛋白序列 有的蛋白编码基因注释 ………………………………