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上一期我列出了重测序/外显子测序所用的分析流程，介绍了为什么要进行原始数据的质控。这期我主要介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果。 图1 分析流程示意图 (我们现在处于红圈位置) FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看 这里 。FastQC 支持 fastq、gzip 压缩的 fastq、SAM、BAM 等格式，在不指定文件类型的情况下，FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开，并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads；其它的文件类型则被当作 fastq 格式打开。 其使用语法为： fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] [-t threads] seqfile1 .. seqfileN -o 用来指定输出文件的目录，需要注意的是，FastQC 不会自动创建新 ………………………………