Kallisto 软件的上、下游分析流程

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昨天，我在答疑一个学员的问题时，写了一篇稿子： 在什么情况下基因ID转换会100%失败？ ，曾老板看了后说这个数据提供的是Kallisto定量，需要我前去学习一下它的上下游。数据为 GSE270697：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270697。 简单的搜了一下相关资料，发现这个软件不需要经过比对就可以直接进行转录本层面的定量，于 2016年5月份发表在Nat Biotechnol（IF=33.1），标题为《Near-optimal RNA-Seq quantification》 。 关于软件的用法，我们生信技能树的咖啡大师张永杰在他的菜鸟团专辑：《 生物信息学百款软件 》中已经介绍过，见 Kallisto — 基于伪比对的转录本定量 。 首先是安装 依然是使用conda软件，简单方便的安装： # 激活小环境 conda activate rna # 安装 conda install kallisto -y 构建索引 物种为小鼠，去 ensemble 数据库下载最新参考基因组：https://ww ………………………………