空间转录组定性分析之数据质控和bin策略选择

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前 言 空间转录组测序技术通过原位捕获RNA的方式，将组织学与转录组学有机结合，实现了对基因表达丰度及其空间位置的精准测量。这赋予了空间转录组数据的两个关键特性：空间定位和高通量。因此，空间转录组图谱类似于一张详细的天气地图，通过这张地图，能够帮助我们更清晰地理解细胞类型（地点）、基因表达（降雨量大小）与样本表型（天气类型）之间的关联。 从数据分析的角度来看，我们的目标是揭示组织中存在哪些类型的细胞，它们在哪些特定位置表达了何种基因，以及特定基因表达量的变化如何导致细胞功能和样本表型特征的变化。这也就对应了我们进行空间转录组数据分析的三大核心需求：定性、定量和定位（图1）。 图1 空间转录组基础分析内容 一个有趣的问题可以进一步启发我们对空间转录组数据分析的理解：一只熊从4. ………………………………