主要观点总结
本文分享了一篇发表在nature communications上的文章，该文解析了癌症中EMT转化的分子特征以及与疾病发展和治疗的关联。文章基于泛癌的转录组数据重建和验证了EMT发展轨迹，并探讨了基因组与肿瘤免疫微环境异质性在EMT过程中的作用。文章通过不同的数据分析和统计方法，深入研究了EMT转化的内部和外部特征，并探讨了其与临床特征的关系。该研究为理解癌症的发展和治疗提供了新的视角。
关键观点总结
关键观点1: 文章基于转录组数据重建和验证了EMT的发展轨迹。
作者从GEO和TCGA等数据库中下载了相关转录组数据，通过PCA降维、KNN算法等手段，重建和验证了EMT的发展轨迹，并分享了不同EMT状态的样本数据。
关键观点2: 文章探讨了基因组与肿瘤免疫微环境异质性在EMT过程中的作用。
作者分析了基因组不稳定性和突变signature在EMT转化过程中的作用，并探讨了肿瘤相关巨噬细胞、IL-1和TNFα等分泌因子以及缺氧等因素对EMT的影响。
关键观点3: 文章揭示了空间异质性在EMT转化过程中的作用。
作者收集了空间转录组数据，分析了癌症组织中的空间异质性，揭示了不同EMT状态组织区域中细胞富集和互作的情况。
关键观点4: 文章分析了EMT相关临床特征的关系。
作者分析了不同EMT状态病人的生存时间，探讨了EMT与药物治疗的关联，发现EMT转化可能影响药物治疗的疗效。
文章预览
今天分享一篇发表在 nature communications（16.6） 上老外做的文章，这篇文章解析了 癌症中 EMT转化的分子特征以及与疾病发展和治疗的关联 。 基因组和免疫微环境异质性塑造了 癌症中上皮-间质转化轨迹 背景 上皮间质转换（EMT） 是一种生物学过程，在这一过程中 上皮细胞失去其特性，同时获得间质细胞的特性 。EMT除了会发生在胚胎发育，组织再生以及伤口愈合的过程，在疾病的发生发展过程中也起到了重要的作用。有研究表明，EMT不是一个二值转换的过程，而是一个连续的动态过程，而大多数研究都未能捕捉其动态变化过程中的特征。 在这一过程中，一些转录因子能在转录组层面看到其变化，同时部分基因受到EMT的影响会发生突变或拷贝数变异 。而为了能全面分析EMT过程中转录组和基因组层面上的变化，需要 配对的scRNA-seq和scDNA-seq ，然而这样
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