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每个单细胞亚群取子集后继续降维聚类分群标准操作(以b细胞为例)

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-09-17 10:38

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针对这个这个胃癌单细胞数据集GSE163558,我做了解读,详见 : 单细胞转录组降维聚类分群过滤基因和过滤细胞的区别 。而且前面已经是完成了降维聚类分群,在 学习单细胞亚群命名的层次结构 演示了一个降维聚类分群结果,就有了  2-harmony/sce.all_int.rds 文件,以及对应的 phe.Rdata 注释信息。 值得注意是,我把文献里面的髓系免疫细胞区分成为巨噬细胞和中性粒细胞,还有mast细胞。然后就是把b细胞是可以区分成为浆细胞和普通b细胞。在文献里面的单细胞亚群以及其对应的基因和细胞数量分别是: >  print (cell_groups)           Group Count               Genes 1    Epithelial  1743 EPCAM, KRT19, CLDN4 2       Stromal  1288 PECAM1, CLO1A2, VWF 3 Proliferative  1089  MKI67, STMN1, PCNA 4             T 24448     CD3D, CD3E, CD2 5            ………………………………

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