专栏名称: 生信媛
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数据框筛选和GO富集的小操作

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-01-07 07:45
    

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最 近我得到了一个数据框,里面有几列,然后我要在这几列里面根据一些过滤条件得到基因,然后进行GO分析。 比如下面这个数据框 # gene是我随机抽取的基因 library ( tidyverse ) library ( clusterProfiler ) library ( org . At . tair . db ) data . frame ( gene = sample ( gene , 10 ), rho = sample ( seq (- 1 , 1 , length . out = 1000 ), 10 ), log2Fold = sample ( seq (- 10 , 10 , length . out = 100 ), 10 ), stringsAsFactors = F ) -> test_data > test_data gene rho log2Fold 1 AT5G01640 - 0.96996997 3.3333333 2 CH5 - 0.67367367 1.5151515 3 AT5G07470 - 0.99399399 - 10.0000000 4 AT5G19140 - 0.29129129 - 0.1010101 5 EMB79 0.02902903 - 1.5151515 6 AT5G54070 - 0.65565566 - 4.1414141 7 AT5G46315 - 0.77177177 - 5.757 ………………………………

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