主要观点总结
本文介绍了如何使用Msigdb数据库查找特定基因集合，包括使用代码获取所有通路信息的方法，以及解决R包安装失败的方法。
关键观点总结
关键观点1: 如何查找特定基因集合
可以通过访问Msigdb官网，选择物种、分类和子分类来查找特定的基因集合。此外，也可以使用代码通过msigdbr包来获取所需的基因集合。
关键观点2: 使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息
通过msigdbr包，可以方便地获取Msigdb数据库中的基因集合信息。例如，通过设置物种、分类和子分类等参数，可以获取特定条件下的基因集合。
关键观点3: R包安装失败怎么办
如果R包安装失败，可以尝试更换下载源、使用BiocManager包管理器安装、检查R版本兼容性等方法来解决问题。
关键观点4: msigdbr包的使用注意事项
在使用msigdbr包获取基因集合时，建议只使用category参数，不使用subcategory参数，以避免忽略一些数据。
文章预览
Msigdb如何查找特定基因集合 使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息 R包安装失败怎么办？（一）msigdbr 进入官网查看 https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb 不管小鼠还是人，大的分类，category都是按照H C1 C2 C3...... 方法一 ： 假设我们对小鼠数据集感兴趣 点击小鼠的M2 这里面有subcategory的详细分类，比如 CGP CP:BIOCARTA CP:KEGG CP:REACTOME CP:WIKIPATHWAYS 查看，对凋亡通路感兴趣的话，control+F网页搜索 # get all human gene sets msigdbr( species = "Homo sapiens" ) # get mouse C2 (curated) CGP (chemical and genetic perturbations) gene sets msigdbr(species = "Mus musculus" , category = "C2" , subcategory = "CGP" ) 方法二： 下面这样查看，更有层次感 https: / /www.gsea-msigdb.org/gsea /msigdb/mouse /genesets.jsp?collection=CP 方法三： 使用代码获取想要的基因集合 . libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-lin
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