如何下载蛋白序列并进行比对分析？

文章预览

前段时间在一篇NC文章中，看到下图a这样的蛋白序列对位图，黑白配色，很高级的样子。那么，如果拿到感兴趣基因的蛋白序列，如何绘制这样好看的序列对位图呢？ （ Nature Communications , 2024） 1 序列Blast 首先，要有感兴趣的蛋白序列文件，保存为Fasta格式的文本文件，可使用记事本、Notepad++、Sublime等文本编辑器进行编辑保存。 接着，使用NCBI数据库中的BLAST在线工具，就可以得到同源序列。 网址链接： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 注意，由于是蛋白序列，这里选择点击Protein BLAST按钮。 在BLAST工具参数设置页面，点击选择文件按钮上传我们的Fasta蛋白序列文件，其他参数保持默认，然后点击下方的 BLAST 按钮。由于只有一条序列，当然也可以直接将蛋白序列复制粘贴到输入框中。 由于是在线比对，整个任务需要一点点时间。任务完成后，在Description选项， ………………………………