研究进展：光片显微镜-图像处理 | Nature Methods

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光片显微镜Light sheet microscopy是一种对亚细胞动力学和大型生物样品，实现高速三维成像的强大技术。但是，通常会为单个实验，生成大小从数百吉字节GB到数 拍字节 PB的数据集。传统计算工具处理这种图像的速度，远远慢于采集获取时间，并且受制于存储器而失效。 今日，美国 加利福尼亚大学伯克利分校（University of California，Berkeley）Xiongtao Ruan，Eric Betzig & Srigokul Upadhyayula等，在Nature Methods上发文，为了应对这些挑战，提出了PetaKit5D，这是一种可扩展的软件解决方案，用于高效拍字节PB级光片图像处理。 这一软件集成了一套针对内存和性能优化的常用处理工具。还包括快速图像读取器和写入器、快速且内存高效的几何变换、高性能Richardson–Lucy去卷积和可扩展的Zarr-based stitching。 这些功能性能比最先进方法高出了一个数量级以上，以现代成像相机 ………………………………