单细胞之Monocle 3官网教程-2-对细胞进行聚类和分类

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官网首页 本次分享目录 教程地址：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/trajectories/ 在发育过程中、响应刺激时以及整个生命过程中，细胞从一个功能“状态”过渡到另一个状态。 处于不同状态的细胞表达不同的基因组，产生一系列动态的蛋白质和代谢物来执行其功能。当细胞在不同状态间移动时，它们经历转录重构过程，一些基因被沉默，另一些基因被新激活。这些瞬时状态往往难以表征，因为将细胞从更稳定的终点状态中提纯出来可能非常困难甚至不可能。单细胞RNA测序（RNA-Seq）可以使您无需提纯就能看到这些状态。 然而，要实现这一点，我们必须确定每个细胞在可能状态范围中的位置。 Monocle 引入了使用 RNA-Seq 进行单细胞轨迹分析的策略。Monocle 不通过实验将细胞提纯到离散状态，而是使用算法学习每个细胞在动态生物过程中必须经历的 ………………………………