不是造假胜似造假的单细胞降维聚类分群

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胃癌单细胞数据集GSE163558，我做了解读，详见 ： 单细胞转录组降维聚类分群过滤基因和过滤细胞的区别 。而且前面已经是完成了降维聚类分群，在 学习单细胞亚群命名的层次结构 演示了一个降维聚类分群结果。 然后大家就可以使用这个全流程代码去处理任意单细胞转录组数据集，但是每个数据都有自己的特殊性。比如一个小伙伴就马不停蹄的处理了2021发表在NG的乳腺癌单细胞数据集：《A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers》，文献里面给出来的是如下所示第一层次降维聚类分群结果： 第一层次降维聚类分群结果 可以看到，并没有我们授课的数据集那样的不同单细胞亚群的泾渭分明。这个乳腺癌单细胞数据集id是GSE176078，需要去geo官网下载这个500多M的文件：GSE176078_Wu_etal_2021_BRCA_scRNASeq.tar.gz 然后解压后分开读取，代码如下所示： ………………………………